Агатангел Кримський народився 15 січня 1871 року у Володимирі-Волинському. Мати, Аделаїда Матвіївна, в дівоцтві Сидорович - домогосподарка, батько, Юхим Степанович - учитель історії та географії. Того ж року сім'я переїхала на Черкащину, до Звенигородки, де оселилися у будинку, збудованому на гонорар за підручник із географії, написаний Кримським-старшим. У 1876 р. 5-річного Агатангела віддали у Звенигородське міське училище. Читати він умів із 3,5 літ. Далі вчився в Острозькій прогімназії, другій київській гімназії, а в 1885-1889 роках у Колегії Павла Галагана. Тут він вивчив вісім іноземних мов. Його улюбленим вчителем був Житецький - дуже відома постать в українознавстві, який і прищепив Кримському любов до українства. Можна сказати, що тут він і став українцем. За цей час опановує французьку, німецьку, англійську, польську, грецьку, італійську, турецьку, латину. Тут же він знайомиться і з такими відомими постатями, як Михайло Драгоманов, Павло Житецький, Леся Українка, які дуже вплинули на молодого Агатангела. Про свою ідентичність Агатангел Кримський написав так: «Мій батько з білоруського міщанського роду, мати - полька литовська, я ані кровинки української не маю, тільки що вродився та виріс на Україні. Хоч родом я не українець, але цілком проукраїнився».